Sebagai sekolah yang melaksanakan kurikulum 2013 secara mandiri, pada tahun pelajaran 2017 – 2018, SMP Muhammadiyah 4 menerapkan dua kurikulum pembelajaran. Kelas 7 dan kelas 8 menggunakan kurikulum 2013 sedangkan kelas 9 menggunakan kurikulum 2006. Menyadari akan hal itu, guru-guru di sekolah berusaha keras untuk menyajikan kualitas pembelajaran terbaik bagi siswa. Salah satunya dengan banyak mengikuti pelatihan kurikulum 2013 dan bedah soal UN yang di dalamnya masih merupakan irisan kurikulum 2013 dan kurikulum 2006.

Untuk meningkatkan prestasi dan kualitas output siswa, SMP Muhammadiyah 4 Surabaya menyelenggarakan bimbingan belajar. Bimbingan belajar ini diselenggarakan setiap hari Jumat. Semua siswa kelas 9 mengikuti program ini. Harapannya, kualitas lulusan meningkat.

Selain menerapkan kurikulum yang dicanangkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, SMP Muhammadiyah 4 Surabaya juga menerapkan kurikulum khas sekolah. Kurikulum khas sekolah ini adalah kurikulum yang dirancang oleh tim pengembang kurikulum untuk disajikan kepada siswa dalam bentuk mata pelajaran khas sekolah serta mendukung visi dan misi yang sudah dicanangkan oleh sekolah. Mata pelajaran tersebut berupa nahwu, shorof, qur’an hadits, kemuhammadiyahan, dan bahasa Arab. Semua mata pelajaran tersebut diharapkan dapat terserap oleh siswa dan mendukung visi misi sekolah sebagai sekolah berbasis pesantren.

Mulai tahun ajaran 2022-2023 kelas 7 mulai menerapkan kurikulum merdeka sedangkan kelas 8 dan kelas 9 masih menggunakan kurikulum 2013. Kegiatan pembelajaran dilakukan dengan mengedepankan pengembangan kemampuan IT dan profil pelajar pancasila. Hal ini sejalan dengan upaya pemerintah untuk menumbuhkan profil pelajar pancasila.

Selain menerapkan kurikulum yang dicanangkan oleh Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, SMP Muhammadiyah 4 Surabaya juga menerapkan kurikulum khas sekolah. Kurikulum khas sekolah ini adalah kurikulum yang dirancang oleh tim pengembang kurikulum untuk disajikan kepada siswa dalam bentuk mata pelajaran khas sekolah serta mendukung visi dan misi yang sudah dicanangkan oleh sekolah. Mata pelajaran tersebut berupa imla’, nahwu, shorof, hadits, kemuhammadiyahan, dan bahasa Arab. Semua mata pelajaran tersebut diharapkan dapat terserap oleh siswa dan mendukung visi misi sekolah sebagai sekolah berbasis pesantren.

Kegiatan pembelajaran Tartil dengan metode Tilawati dilaksanakan setiap hari. Hal ini sebagai salah satu upaya sekolah untuk mendukung kegiatan pesantren. Kegiatan pesantren diharapkan dapat menjadikan lulusan SMP Muhammadiyah 4 Surabaya yang berprestasi dan religius.